В началото на 90-те години на 20 век в страните от Европейския съюз започват да се появяват така наречените “дизайнерски наркотици”. Това са синтетични психотропни вещества, създадени чрез модификация на химическата структура на съществуваща наркотична субстанция, което води до създаването на ново вещество с подобни фармакологични свойства. Появата на тези вещества повдига много въпроси относно потенциалните здравни рискове от тяхната употреба и проблемите, които биха възникнали в сътрудничеството между правоприлагащите органи, ако дадено вещество е поставено под контрол в някои европейски страни, а в други не. Постигнато е било съгласие, че в ситуацията може да има развитие чрез обмен на информация и чрез установявване на процедура по определянето на риска от употребата на тези вещества и евентуално, поставянето им под контрол.

Всичко това води до създаването на механизъм, наречен “Споразумение за съвместни действия” засягащ информационния обмен, оценката на риска и поставянето под контрол на новите синтетични наркотици, установен чрез официален документ от Съвета на ЕС по време на датското председателство на 16 юни 1997 г. “Нов синтетичен наркотик “е  дефиниран като вещество, което има ограничена терапевтична стойност, не е вписано в Конвенцията на Обединените нации за психотропните вещества от 1971 г., което представлява същата сериозна заплаха за общественото здраве, както и веществата включени в приложения I и II на Конвенцията. Терминът “нов” не се отнася до новосъздаден, а по-скоро до схващането, че веществото е предмет на нова злоупотреба.

Споразумението за съвместни действия възприема тристепенен подход на действие: 1) обмен на информация – Системата за ранно предупреждение; 2) оценка на риска и 3) процедура по поставянето под контрол на новите вещества.

През 2005 г. Европейската комисия организира оценка на ефективността на Споразумението, която установява, че Съвместните действия и в частност Системата за ранно предупреждение са отговорили на очакванията, но има необходимост от предефиниране на основната им цел, на яснотата на техните процедури и определения, на прозрачността на осъществяването им и на релевантността на приложното им поле. Поради това механизмът, установен съгласно Съвместните действия, следва да бъде актуализиран.

В резултат, на 10 май 2005 г. Съвета на ЕС излиза с Решение, с което продължава мандата на Системата за ранно предупреждение, но с разширен обхват. Предмет на информационен обмен стават появяващи се “нови психоактивни вещества”. Разширеният обхват на Системата включва и лекарствени продукти от хуманната и ветеринарната медицина.

В тази връзка, през 2006 г., излиза първи годишен доклад на EMCDDA-Europol, относно новите психоактивни вещества.

България и Румъния се присъединяват към мрежата на EMCDDA през 2007 г.

През 2010 г. се провежда първата конференция относно показателите за предлагане на наркотици.

Организира се първо европейско лятно училище за наркотици (EMCDDA-ISCTE), през 2012 г.

2013 г. се окачествява с редица важни събития, свързани с развитието и разширяването на EWS. Издава се Европейски доклад за наркотиците, който замества годишния доклад. Публикува се първи доклад за пазара на наркотиците (EMCDDA-Еuropol). Хърватия се присъединява към мрежата на EMCDDA. Провежда се първата международна мултидисциплинарена конференция за откриване на забранени нарктоици в отпадъчни води.

През 2014 г. Турция също се присъединява към EMCDDA.

EMCDDA отбелязва 20 години наблюдение, през 2015 г.

През 2016 г. г-н Алексис Гусдийл заема поста директор на EMCDDA.

През 2019 г. EMCDDA пуска стандартизирана учебна програма за превантивно обучение на местни и регионални лица.

През 2020 г. EMCDDA празнува 25 години мониторнг.

В края на юни 2023 г. е публикуван нов Регламент на Европейския парламент и на Съвета на ЕС, който преразглежда мандата на Европейския център за мониторинг на наркотиците и наркоманиите (EMCDDA). Целта на закондателната промяна е да се дадат по-големи правомощия на агенцията за справяне с настоящите и бъдещи проблеми с наркотиците.

Регламентът, публикуван в Официален вестник на Европейския съюз на 30 юни 2023 г., влиза в сила в началото на юли, поставяйки на EMCDDA едногодишен преходен курс, за да се подготви за изпълнение на новия мандат. EMCDDA ще стане Агенция на Европейския съюз по наркотиците (EUDA) на 2 юли 2024 г.

На 02.07.2024 г. Европейския център за мониторинг на наркотиците и наркоманиите (EMCDDA) официално е пвоменен в Агенция на Европейския съюз по наркотиците (EUDA) . Развитието е резултат от законодателството, което влиза в сила от тази дата, преразглежда мандата и името на EMCDDA и официално създава EUDA. С нови инструменти и компетенции EUDA ще играе ключова роля в укрепването на отговора на ЕС на възникващите предизвикателства за здравето и сигурността, породени от незаконните наркотици.